一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

一种与小麦穗发芽抗性相关的snp分子标记及其应用
技术领域
[0001]
本发明属于小麦遗传育种技术领域，具体涉及一种与小麦穗发芽抗性相关的snp分子标记及其应用。
技术背景
[0002]
小麦穗发芽(pre-harvest sprouting，phs)是指小麦在收获前遇到连阴雨天气或者长时间处于高湿环境下导致籽粒直接在麦穗上发芽的现象。phs的发生不仅降低小麦产量，而且极易造成品质下降，严重者甚至丧失种用价值，给农业生产造成巨大的经济损失。如发芽的小麦其胚乳中储藏物质(蛋白质、淀粉等)发生降解，营养品质随之下降；尤其，用发芽的小麦制作的面包弹性差且不易被切开，馒头颜色发暗且黏性增强，面条咬劲变差且韧性降低。此外，随着发芽程度的增加，小麦籽粒中的总脂肪含量显著降低，脂肪酸含量大幅增加，导致酸败劣化，对种子贮藏极为不利。
[0003]
世界主要小麦产区，如加拿大、美国、欧洲西部和北部地区、澳大利亚、日本、中国等国均遭受不同程度的phs危害，其中以澳大利亚和加拿大较为严重。据报道，在澳大利亚的新南威尔士州北部和昆士兰州，夏季降雨造成的phs灾害平均每年影响15％的谷物质量。在另一个重要的小麦出口国加拿大，种植了大约800万公顷的春小麦、200万公顷的硬粒小麦和40万公顷的冬小麦，每年都会在一定程度上发生phs，造成显著的品质下降和经济损失。在我国，西南冬麦区(尤其是四川盆地)、黄淮南部冬麦区、东北春麦区和长江中下游麦区是phs灾害的主要发生区域。据报道，1991年，小麦夏收期间，全国范围内因phs灾害导致的小麦减产高达100亿公斤。1995、2001和2008年，京津冀地区发生了严重的phs灾害，造成巨大损失，并导致该地区大量农户放弃加工品质较好的白皮小麦，而改种市场受欢迎度相对较低的红皮小麦。2008-2010年，包括江苏、安徽、湖北和河南在内的部分省份，都发生了phs灾害，白皮小麦受灾尤为严重。据2010-2013年发布的“中国小麦质量报告”(农业部)调查显示，西南麦区样品与phs相关的籽粒品质参数比其他phs多发地区(长江下游、黄淮麦区等)更加偏低。2016年，北方冬麦区大部、江南华南大部、西南地区东部部分地区、江淮、黄淮西部及西北地区在小麦收获季节降水频繁，大大影响了小麦收获和晾晒，造成phs灾害发生严重，产量几乎减半，品质劣化，没有烘干机的农户和小型农场主损失更加惨重。2018年，河南南部、安徽大部、湖北西部和东南、江苏中南和四川盆地在小麦收获期累计降水超过100毫升，导致phs灾害在这些地区发生，在减产严重的同时，小麦收购价格低至0.6-0.8元，极端情况下甚至下降到0.3-0.4元，农户平均每亩损失约为300元。
[0004]
小麦phs是属于多基因控制的数量性状。前人利用连锁分析和关联分析鉴定到的phs抗性位点或qtl几乎遍及小麦21条染色体。此外，通过图位克隆或同源克隆手段，部分小麦phs抗性基因也被相继挖掘出来，并开发了功能标记用于筛选phs抗性强的种质资源或育种材料。如利用连锁分析检测到3a染色体短臂上存在一个主效位点qphs.pseru-3as，进一步通过精细定位和图位克隆方法挖掘出目的基因tamft(taphs1)，并利用rna干扰介导基因沉默的手段证实tamft对phs抗性具有正向调控作用。采用比较基因组学方法克隆了水稻种
子休眠基因ossdr4的同源基因tasdr，位于小麦第2同源群，分别命名为tasdr-a1、tasdr-b1和tasdr-d1。在tasdr-b1基因起始密码子上游-11bp处和tasdr-a1基因第+643bp处分别发现一个snp，并开发成caps标记(cleaved amplifed polymorphism sequence marker)sdr2b和sdr2a，在连锁群体和自然群体中验证了这两处变异与种子休眠和萌芽显著相关。通过比较基因组学结合连锁图谱分析的方法将编码小麦转录因子viviparous-1的基因tavp-1定位在第3同源群的长臂上。测定了tavp-1基因在休眠期和非休眠期成熟胚中的表达水平，发现tavp-1基因的表达量与种子休眠、胚对aba的敏感性呈正相关。此外，属于aba诱导的小麦质膜19基因家族的tapm19-a1和tapm19-a2、编码丝裂原激活蛋白激酶3的基因tamkk3-a和编码丙氨酸转氨酶的基因taqsd1也被鉴定并证实与小麦穗发芽抗性和种子休眠紧密相关。尽管目前有关小麦穗发芽抗性的遗传机理取得了较好的进展，但其详细遗传基础和分子调控机制仍不清楚。
[0005]
鉴于小麦基因组庞大(约17gb)且较为复杂(异源六倍体，含有约80％以上重复序列)，不同的遗传背景，其phs抗性的遗传机制可能存在较大差异。因此，从不同种质资源中鉴定更多的phs主效位点，挖掘候选基因，进一步解析phs抗性的分子机制，将为抗phs分子聚合育种提供丰富的基因资源。


技术实现要素：

[0006]
本发明的目的是针对一个控制phs抗性的新主效位点qphs.ahau-4b的候选基因tae3-4b，开发易于大规模批量检测的caps标记，用于小麦抗phs分子标记辅助育种。
[0007]
技术方案如下：
[0008]
本发明提供了一种与小麦穗发芽抗性相关的snp分子标记，其snp位点对应于参考基因组iwgsc refseq v1.0版本的小麦4b染色体661498776bp处的c/t碱基突变。
[0009]
本发明还提供了一种根据snp分子标记开发的用于鉴定小麦抗穗发芽品种的caps标记，所述caps标记被命名为tae3，所述tae3具有如seq id no.5所示的核苷酸序列或者如seq id no.6所示的核苷酸序列。
[0010]
本发明还提供了一种使用caps标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法，具体步骤如下：
[0011]
s1、根据序列seq id no.5和序列seq id no.6设计特异性引物，根据序列seq id no.5和序列seq id no.6的差异挑选限制性内切酶，使得序列seq id no.5和序列seq id no.6能够被切割成不同数量的片段；
[0012]
s2、提取待检测的小麦基因组dna；
[0013]
s3、以步骤s2提取的dna为模板，步骤s1设计的特异性引物为引物进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；
[0014]
s4、使用步骤s1挑选的限制性内切酶对步骤s3获得的pcr扩增产物进行酶切，并对酶切产物进行电泳检测，根据条带数判定小麦品种。
[0015]
优选的，步骤s1中设计的特异性引物中的上游引物如seq id no.3所示核苷酸序列，下游引物如seq id no.4所示核苷酸序列。
[0016]
优选的，步骤s3中使用的限制性内切酶为accii，若步骤s4中的酶切产物的电泳条带为一条则为感穗发芽品种，若为若干条则为抗穗发芽品种
[0017]
本发明的有益效果是：
[0018]
本发明针对一个控制phs抗性的新主效位点qphs.ahau-4b的候选基因tae3-4b，开发了caps标记tae3。相对ssr分子标记，该caps标记经电泳检测后条带清晰可辩，不同phs抗性的小麦品种间带型差异明显，检测方法简便，有助于提高分子标记选择的目标性和针对性，从而提高小麦phs抗性遗传改良的效率。
附图说明
[0019]
图1为实施例1中在京411/红芒春21群体中检测到的抗phs新主效位点qphs.ahau-4b；
[0020]
图2为实施例1中qphs.ahau-4b区段内tae3-4b基因在京411/红芒春21群体的两个亲本以及抗、感池中的差异表达情况；
[0021]
图3为实施例2中利用caps标记tae3检测phs抗性不同的小麦品种京411和红芒春21的电泳图谱。
[0022]
其中附图标记为：m为2k marker的条带；j为京411类型条带；h为红芒春21类型条带。
具体实施方式
[0023]
实施例1
[0024]
候选基因的确定
[0025]
本发明利用感phs的推广品种“京411”和高抗phs的“红芒春21”为亲本构建了包含174份家系的重组自交系群体(jh-ril)，采用简化基因组测序手段构建了基于slaf标记的高密度遗传连锁图谱，结合2014-2019年测定的收获后5天、15天发芽指数(germination index，gi)数据，进行phs相关的主效qtl分析，在小麦4b染色体上发现一个控制phs的主效位点qphs.ahau-4b。针对该位点构建了次级分离群体进行重组体筛选，将物理区段从2.25mb缩小至154.7kb。结合转录组分离集群混池测序，筛选到该区段内唯一差异表达的编码e3泛素连接酶的候选基因，命名为tae3-4b。在抗、感phs的品种间克隆测序，共发现18处单碱基突变(single nucleotide polymorphism，snp)，其中5处位于编码区。利用tae3-4b基因在第3外显子上存在的c/t(感/抗)碱基突变(位于4b染色体661498776bp处，其参考基因组iwgsc refseq v1.0版本，开发了caps标记tae3，感性材料(jing411-type)无法被限制性内切酶accii酶切，抗性材料(hmc21-type)则相反(图3)。具体如下：
[0026]
(一)穗发芽相关表型性状的测定
[0027]
发芽指数(germination index，gi)测定
[0028]
2014-2019年收获后不同时期(收获后5天和15天)，取群体亲本和每个家系50粒胚部完整的种子，2个重复，腹沟朝下均匀摆放在直径90mm的培养皿中，加入10ml无菌水，在20℃、14h(白天)/10h(夜晚)的条件下培养3天。记录第一天发芽籽粒数n1，第二天发芽籽粒数n2，第三天发芽籽粒数n3和3天后剩余未发芽籽粒数n0。按如下公式计算籽粒发芽指数gi:
[0029]
gi＝(3*n1+2*n2+n3)/3*(n1+n2+n3+n0)。
[0030]
田间自然发芽率(fs)测定
[0031]
在小麦收获季节如果出现了连续降雨的年份，将每家系20个麦穗留在田间，降雨
结束后立即收集各家系麦穗并在烤箱中烘干(105℃，2h)，脱粒后记录发芽籽粒数n
g
和未发芽籽粒数n
r
，按如下公式计算田间自然发芽率fs：
[0032]
fs＝n
g
/(n
g
+n
r
)。
[0033]
种皮颜色测定
[0034]
2015和2017年，将jh-rils每家系取50粒种子，2个重复，置于培养皿中用无菌水浸泡后对种皮颜色进行观察和记录，并使用gc表示，白皮记为1，红皮记为3，中间色记为2。
[0035]
2016-2018年，采用色度仪(minolta cr-5)对jh-rils的亲本和各家系进行种皮颜色测定。色度仪采用l*a*b色彩系统来评定颜色(cie 1931)。在该色彩系统中，l值测定黑为0白为100，当a为正值时，表示红色，反之则为绿色，当b为正值时，表示黄色，反之则为蓝色，而种子的亮度也是种皮颜色应考虑得因素，本研究采用a/l值表示种皮颜色测定值，并使用graincolor表示。称取约20g种子置于该仪器半径约25mm的培养皿中，3次重复，取其平均值代表各品种种皮颜色表型值。
[0036]
表型数据整理由excel软件完成，表型数据与标记间的相关性分析由spss软件完成。
[0037]
(二)小麦基因组dna提取
[0038]
用于dna提取的试验材料为亲本京411和红芒春21、重组自交系ril(京411/红芒春21)群体174个家系，255种小麦推广品种和225种中国小麦微核心种质资源。具体方法为：
[0039]
1、将小麦单籽粒磨碎，取0.1g加入0.7mlsds提取液(0.1m tris-hcl(ph＝8.5)，0.1m nacl，0.05m edta(ph＝8.0)，2％sds)在60℃恒温下裂解45min，其间多次震荡。
[0040]
2、在4℃ 12000rpm条件下，离心10min。
[0041]
3、取上清液加入等体积的酚：氯仿：异戊醇(25:24:1)上下颠倒旋转至两相不很快分层。
[0042]
4、在4℃ 12000rpm条件下，离心10min。
[0043]
5、取上清液加入等体积的酚：氯仿：异戊醇(25:24:1)上下颠倒旋转数次。
[0044]
6、在4℃ 12000rpm条件下，离心10min。
[0045]
7、取上清液加入等体积的异丙醇于-20℃冰箱静置30min。
[0046]
8、在4℃ 12000rpm条件下，离心10min。
[0047]
9、用70％的乙醇洗涤两次。
[0048]
10、在4℃ 12000rpm条件下，离心10min。
[0049]
11、沉淀自然风干，4℃存，备用。
[0050]
(三)简化基因组酶切方案设计和测序
[0051]
1、酶切方案的选择：根据小麦的基因组大小以及gc含量等信息，最终选取小麦a基因组作为参考基因组进行酶切预测。通过酶切预测软件对参考基因组进行酶切预测，选择最合适的酶切方案。
[0052]
2、具体实验流程：根据选定的最适酶切方案，对检测合格的各样品基因组dna用限制性内切酶rsai(new england biolabs,neb)，进行酶切。对得到的酶切片段(slaf标签)用klenow fragment(3
′→5′
exo
–
)(neb)和datp在37℃下进行3
′
端加a处理、连接dual-index测序接头、pcr扩增(pcr扩增引物：上游引物的核苷酸序列如seq id no.7所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no.8所示)、纯化、混样、切胶选取目的片段，文库质检合格后用
illuminahiseq
tm
2500进行测序。为评估酶切实验的准确性，选用日本晴(oryza sativa japonica)作为对照进行测序。
[0053]
3、利用dual-index识别测序得到的原始数据，获取各个样品的reads。评估过滤完接头的测序reads的测序质量和数据量。通过control数据的比对效率来评估酶的酶切效率，进而验证实验过程的准确性与有效性。采用reads比对基因组的方法，在亲本以及子代中开发大量的slaf标签，并筛选出多态性的slaf标签。对多态性的slaf标签进行基因型编码后，按如下标准进行质控：
[0054]
(1)过滤父母本测序深度10
×
以下reads；
[0055]
(2)过滤snp数大于5的标签；
[0056]
(3)过滤完整度小于70％的标记；
[0057]
(4)过滤严重偏分离(p<0.01)标记。
[0058]
将通过质控的slaf标签利用highmap作图软件，构建高密度遗传图谱，图谱评估合格后，用于qtl分析。
[0059]
(四)qtl分析
[0060]
qtlicimapping v4.1软件中完备复合区间作图的加性效应算法(icim-add)，lod值设为3，步移区间1cm。
[0061]
(五)构建次级分离群体
[0062]
通过分析京411/红芒春21重组自交系群体各个家系在所有phs抗性相关主、微效qtl区段内的分子标记带型，发现具有较强phs抗性的jh86家系，在qphs.ahau-4b区段内的5个标记带型均与抗性亲本“红芒春21”一致，而其他所有qtl位点处分子标记带型均与感性亲本“京411”一致。基于此，本研究在2017年4月以jh86为母本，京411为父本构建次级分离群体(jh86/j411)。2018年5月收获次级群体jh86/j411的f2种子，随机分成两套，于2018年10月秋播于合肥市大杨店和蚌埠市怀远县龙亢实验基地。2019年6月底，分别完成qphs.ahau-4b次级f
2:3
群体1071个家系(jh86/j411-hf)和1309个家系(jh86/j411-lk)的编号、叶片样品收集、单株籽粒混收、脱粒和phs抗性表型评价。
[0063]
(六)“30+30”phs抗性极端混池的转录组测序bsr-seq
[0064]
在jh-ril群体中根据多年份phs抗性相关表型性状筛选出抗、感phs的家系各30个，每份家系取30粒种子，亲本京411和红芒春21各取50粒种子，腹沟朝下摆放在灭菌培养皿中的2层发芽纸上，加800ul无菌水浸润，放置于培养箱中20℃恒温、黑暗条件下培养10h。此时，大部分感phs家系和亲本的种子呈现种胚处稍露白的萌动状态，大多数抗phs家系和亲本的种子则处在胚部膨大而未露白萌动的状态。感phs材料每家系取2粒种子混合构成感池，抗phs材料按同样方法构成抗池，京411和红芒春21各取10粒，将取好的phs抗、感池和2个亲本的样品分别装入冻存管进行液氮速冻。紧接着将上述样品用干冰保存寄送至百迈克生物科技有限公司进行rna提取(混池材料单粒提取后等量混合)和rna样品质控。
[0065]
纯度、浓度和完整性检测合格的rna样品按如下流程进行文库构建：
[0066]
(1)用带有oligo(dt)的磁珠富集真核生物mrna。
[0067]
(2)加入fragmentation buffer将mrna进行随机打断。
[0068]
(3)以mrna为模板，用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条
[0069]
cdna链，然后加入dna polymerase i、dntps、缓冲液和rnase h合成另一条cdna
链，利用ampure xp beads纯化cdna。
[0070]
(4)对纯化后的双链cdna再进行末端修复、加a尾并连接测序接头，然后用ampure xp beads进行片段大小选择。
[0071]
(5)最后通过pcr富集得到cdna文库。
[0072]
文库构建完成后，分别使用agilent 2100和qubit2.0对文库的浓度和insert size进行检测，使用q-pcr方法对有效浓度进行定量(为保证文库质量，要求文库有效浓度不少于2nm)。
[0073]
文库质检合格后，用高通量测序仪hiseq2500进行测序。对测序产出的数据进行生物信息学分析，获得可靠的差异表达基因相关数据，其中，tae3-4b基因在亲本和抗、感phs的混池间差异表达情况如图2所示。
[0074]
(七)候选基因的初步确定和克隆
[0075]
利用bsr-seq得到的差异表达分析结果筛选qphs.ahau-4b区段内注释到的基因，初步确定候选基因。参考小麦基因组序列，获取基因全长，以此为模板，利用primer premier 5.0(https://www.premierbiosoft.com)软件设计特异性引物进行片段扩增。
[0076]
按如下操作在感性材料京411(j411)、济麦20(jm20)、中优9507(zy9507)和抗性材料红芒春21(hmc21)、遂宁坨坨(sntt)、洋小麦(yxm)中进行基因克隆。
[0077]
片段扩增
[0078]
用扩增效率高、速度快的高保真酶fastpfu按下述反应体系进行pcr扩增：10μl 5
×
pcr buffer(15mm mgcl2)，5μl dntpmix(2.5mm)，2μl上游引物(10μm)，2μl下游引物(10μm)，4ul模板dna(50-100ng/ul)，1μl fastpfu(2.5u/μl)，蒸馏水补足到50μl。反应程序：95℃预变性2min，95℃变性20s，按每对引物需要的退火温度退火20s，72℃延伸(延伸时间按片段长度和fastpfu的扩增效率2-4kb/min计算可知)，变性-退火-延伸3个步骤循环35次，72℃补充延伸5min，产物4℃保存。
[0079]
电泳和胶回收
[0080]
在上述pcr产物中加入2μl 6
×
dna loading buffer，用1.5％琼脂糖凝胶电泳。电泳结束后，切下包含目的片段的胶块，用购置于康为世纪生物科技有限公司的琼脂糖凝胶dna回收试剂盒，按说明书(https://www.cwbiotech.com/uploads/websitepdf/216c4037-3eae-4ac2-b86a-762277a7adc1.pdf)指导操作回收、纯化目的片段。
[0081]
克隆测序
[0082]
在样品管中加入1μl的质粒(blunt-zero，购于北京全式金生物科技有限公司，http://www.transgen.com.cn/)和4μl的pcr纯化产物，25℃连接20min，12℃冷却。将连接后的样品拿出，在紫外灭菌后的工作台里加入50μl感受态细胞(trans-t，使用前-80℃保存)，轻柔混匀，冰浴20min。完成后，将样品移至水浴锅内42℃热激45s，然后立即置于冰上静置2min。在无菌操作台上，向样品中加入950μl的soc培养基(每100ml配方：2g胰蛋白胨，0.5g酵母提取物，0.06g nacl，0.02gkcl，0.2033gmgcl2
·
6h2o，0.2465gmgso4
·
7h2o，0.36g葡萄糖，100ml超纯水)，37℃摇菌1-1.5h。接着，在无菌操作台中取100-200μl菌液均匀涂布在加了卡那霉素的lb固体培养基(每100ml配方：1g胰蛋白胨，0.5g酵母提取物，0.5g nacl，1.5g琼脂粉，100μl卡那霉素溶液，100ml超纯水)上，37℃培育15-16h。待菌斑长至合适大小后，在pcr样品孔中加入6μl无菌水，用最大量程为10μl的移液枪将菌挑入孔中，轻柔
吸打混匀后，取出4μl加入已有1000μl lb液体培养基(每100ml配方：1g胰蛋白胨，0.5g酵母提取物，0.5g nacl，100μl卡那霉素溶液，100ml超纯水)的离心管中。将离心管置于37℃环境中摇菌4-6h，同时以m13为引物、样品孔中剩余2μl菌液为模板进行pcr检测。若菌液pcr反应结果为阳性，包含目的片段，即可送样测序。
[0083]
(八)结果
[0084]
结果如表1和图1-图2所示。
[0085]
表1.在京411/红芒春21群体中检测到的抗phs新主效位点qphs.ahau-4b信息
[0086][0087][0088]
注:14gi-1、15gi-1、17gi-1和18gi-1分别指2014年、2015年、2017年和2018年收获后5天测定的发芽指数gi；15gi-2和16gi-2分别指2015年和2016年收获后10天测定的发芽指数gi；15fs和16fs分别指2015年和2016年测定的田间自然发芽率fs；15gc和17gc分别指2015年和2017年无菌水浸泡籽粒后肉眼观察到的种皮颜色gc；17graincolor和18graincolor分别指2017年和2018年色度仪测定的种皮颜色。
[0089]
图1中的(a)表示qtl分析在4b染色体660-662mb处检测到的抗穗发芽主效位点qphs.ahau-4b及其关联到的性状；(b)表示660k芯片扫描抗、感穗发芽混池后发现差异snp富集在640-680mb区段。上述二者的结果可互相验证。(九)候选基因的序列分析和功能标记开发
[0090]
候选基因测序结果的拼接、比对和结构分析由dnaman软件(https://www.lynnon.com/dnaman.html)完成。可以得出候选基因tae3-4b基因在抗phs材料中的编码区序列为seq id no.1所示，在感phs材料中的编码区序列为seq id no.2所示。将抗、感phs材料中比对发现的序列差异利用primerpremier 5.0(http://www.premierbiosoft.com)软件设计特异性引物，开发成caps标记，caps标记(即caps标记
tae3)，在抗phs材料中的核苷酸序列如seq5所示，在感phs材料中的核苷酸序列如seq6所示。设计的引物对中的上游引物序列如seq id no.3所示，下游引物序列如seq id no.4所示。
[0091]
(十)caps标记的扩增、酶切和电泳
[0092]
1、pcr扩增体系配置：1μl 2.5mm dntp，0.25μl 10μm引物，1μl 10
×
easytaq buffer，0.5u easytaq，100ng dna模板，用双蒸馏水补齐到10μl。
[0093]
2、pcr扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s；62℃开始每循环降落0.3℃退火30s；72℃延伸30s，40个循环；72℃延伸8min。
[0094]
3、扩增后酶切体系：5μlpcr产物，1μl10
×
cutsmart buffer，0.5uaccii，用双蒸馏水补齐到10μl。
[0095]
4、酶切反应程序：37℃6h。
[0096]
酶切后，在样品中加入3μl6
×
dna loading buffer，取5μl酶切后产物用2.5％的琼脂糖凝胶电泳分型。结果如图3所示：京411(感phs，t等位类型)条带不可被酶切，红芒春21(抗phs，c等位类型)条带可被切开。其中，红芒春21(抗phs，c等位类型)的扩增产物的核苷酸序列如seq id no.5所示，京411(感phs，t等位类型)的扩增产物的核苷酸序列如seq id no.6所示。
[0097]
(十一)caps标记在自然群体中的验证
[0098]
在255种小麦推广品种和225种小麦微核心种质资源中不同等位类型与phs抗性相关性状间的曼尼-惠特尼检验(u检验)分析由ibm spss statistics 20(www.spss.com)软件完成。其中255种小麦推广品种和225种小麦微核心种质资源的具体名称如表2所示，实验结果具体如表3所示：
[0099]
表2、小麦推广品种和小麦微核心种质资源具体名称
[0100]
[0101][0102]
[0103][0104]
表3.利用255种小麦推广品种和225种小麦微核心种质验证caps标记tae3与phs性状极显著相关
[0105][0106][0107]
注：12gi-1、13gi-1、14gi-1和15gi-1分别指2012年、2013年、2014年和2015年收获
后5天测定的发芽指数gi；14gi-2和15gi-2分别指2014年和2015年收获后10天测定的发芽指数gi；13fs和15fs分别指2013年和2015年测定的田间自然发芽率fs；
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表示标记的两种不同等位类型带型与性状之间在0.01水平上极显著相关。
[0108]
结果表明，在上述2个自然群体中，携带caps标记tae3的两种等位变异类型(tae3-hmc21类型和tae3-j411类型)的小麦品种间，穗发芽相关表型值(gi和fs)之间的差异均达到极显著水平(p＜0.01)。
[0109]
以上所述，仅为本发明较佳的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，根据本发明的技术方案及其发明构思加以等同替换或改变，都应涵盖在本发明的保护范围之内。

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